環境
OS:CentOS7
mariadbのバージョン; mariadb-server-5.5.56-2.el7.x86_64

MySQLのデータベースのチェックコマンドである、mysqlcheckコマンドを実行したところ、以下のエラーメッセージが表示された。

Error: mysqlcheck doesn’t support multiple contradicting commands

修復や、最適化の際は、事前のバックアップの取得を強くオススメします!!
コマンドの引数
エラー時のコマンドオプション
mysqlcheck -r -o --all-databases -u root -p
修復オプションである、-rと、最適化オプションである、-oを同時につけると上記のエラーになるな。
修復と最適化を同時に指定すると、エラーになります。
正常時のコマンドオプション
mysqlcheck -o --all-databases -u root -p
mysqlcheck -r --all-databases -u root -p
実行毎に、オプションを分けることでエラーを回避できました。

参考URL

WPのデータベースを自動で最適化する方法
http://blog2.k05.biz/2013/09/wp-automatic-optimize-db.html